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在反渗透膜系统运行过程中，脱盐率和产水量的下降是常见的故障，反渗透膜元件进水流道的堵塞并伴随着组件压差的增加是另一类典型的故障。如果脱盐率和产水量较平缓地下降，这就表明系统存在正常的污堵，它可以通过恰当和定期的化学清洗来解决。而反渗透膜元件快速或突然的性能下降表明系统有缺陷或误操作，尽早采取相应的措施。同时对产水流量和脱盐率的数值进行标准化，以便于对系统的性能作出正确的判断。 

反渗透膜污染是一个十分棘手的问题，它不但会造成系统的产水量降低，脱盐率下降，同时会增加系统操作压力，间接造成运行成本增加。常见的膜污染物包括有机物/胶体污染，微生物污染，无机结垢污染等。

有机物/胶体污染：进水中有机物吸附在反渗透膜元件表面，会造成通量的损失，常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，打开一段反渗透膜壳进水侧，会发现膜元件端面有粘稠状污染物。 

微生物污染：常发生在系统第一段，造成产水量下降，脱盐率下降，一段压差增加，打开一段膜壳进水侧检查，会发现粘稠状污染物，并伴有腥臭味。生物污堵严重时会引起反渗透膜系统前段压降的显著增加，对进水水流产生极高的阻力，容易造成反渗透膜元件进水端产生望远镜现象，而在浓水端发生格网冲出现象。 

絮凝剂/阻垢剂污染：当聚合有机阻垢剂与多价阳离子如铝或残留聚合阳离子絮凝剂相遇时，将会形成胶状沉淀，严重污染前段的反渗透膜元件。常发生在系统第一段，造成产水量下降，一段压差增加，对于聚铝类污染，保安过滤器滤芯以及膜端面上会存在黄色。 

无机垢类污染：结垢是微溶或难溶盐类的沉淀或沉积的水化学问题，一般出现在未设置恰当的预处理而且回收率偏高的系统。结垢常发生在系统的后一段，造成压差增加，产水量下降。打开二段膜壳会发现有大量结晶物沉积在膜壳适配器以及膜元件上。